יחידת הפיקוח שבנמל התעופה בן גוריון (נתב"ג) שוכנת במבנה מגדל הפיקוח וכוללת שתי תת-יחידות: סוכת המגדל וקומת המכ"מ. מגדל הפיקוח ממוקם דרומית למסלולי ההמראה והנחיתה שבשדה התעופה, בין טרמינל 3 לבין טרמינל 1 (הטרמינל הישן) המשרת את כל טיסות הפנים מנתב"ג ולהפך. מגדל הפיקוח מתנשא לגובה של כ- 50 מטר. גובה זה בתוספת למיקומו המרכזי, מאפשרים לפקחי המגדל לצפות בכל תנועת המטוסים הן על הקרקע בשלבי ההסעה, המראה ונחיתה והן באוויר בשלב התקרבותם לאזור שדה התעופה. יחידת הפיקוח או כפי שהיא מכונה ע"י רוב אנשי המקצוע "השער האווירי של מדינת ישראל" מרכזת בתוכה את מרבית הטיסות הנכנסות והיוצאות אל ומישראל. בנוסף היא מהווה צומת מרכזי המקשר בין מרבית יחידות הפיקוח בישראל.

מגדל הפיקוח הקיים הוקם ב- 17.06.1985 ונישא לגובה של כ- 50 מטר. לפני הקמתו התבצעה העבודה ממגדל פיקוח קטן בהרבה הממוקם מעל טרמינל 1.
סוכת הפיקוח מוקפת בזכוכית עבה על מנת לאפשר לפקחים את ההסתכלות סביב ולמנוע חדירה של רעש מנועי המטוסים אל סוכת הפיקוח.
בסוכת המגדל כיום 4 עמדות פיקוח:
עמדת קלירנס: פקח הקלירנס אחראי על מתן מרשה הטיסה לטייס לפני יציאתו. בעמדה זו נקבעים נתיבי היציאה והגבהים של המטוסים, נמסרים קודי הזיהוי של המטוסים שלאחר מכן יופיעו בעמדת המכ"מ וכן עיכובים ידועים מסיבות מזג אוויר / ביטחוניות/ וכדומה.
2 עמדות קרקע: פקח הקרקע אחראי על כל התנועה הקרקעית בשדה הן מבחינת מטוסים והן מבחינת רכבים באזור רחבות המטוסים. עמדה זו כוללת את אישורי ההתנעה והדחיפה של המטוסים, תוך התחשבות במספר שיקולים (לדוגמה: מטוס מהיר מול איטי, זמני המראה, פינויי חניות למטוסים אחרים, נתיבי הסעה וכדומה). בנוסף אחראית עמדה זו על הסעת המטוסים אל מסלול ההמראה ולאחר נחיתה אל עמדת החנייה.
ההבדל בין שתי עמדות הקרקע נעוץ בכך שפקח קרקע מזרח אחראי על כל התפעול המזרחי של השדה, ולעומתו פקח קרקע מערב אחראי על כל תפעול החלק המערבי של השדה, אשר לב ליבו הינו טרמינל 3.
פקח שדה: אחראי על מרחב האוויר הנמצא סביב שדה התעופה, מגובה פני הקרקע ועד גובה של 2000 רגל ברדיוס של 5 מייל. בשליטת פקח השדה נמצאים מסלולי ההמראה והנחיתה, הוא מקבל את המטוסים מפקחי הקרקע ומפקח הגישה ומכוון אותם בעת הטיסה במרחב האווירי שלו. תפקידו כולל מתן אישור נחיתה והמראה על מסלולי הטיסה.

פקח שדה (BEN GURION TOWER), האחראי על מרחב האוויר הנמצא סביב שדה התעופה, מגובה פני הקרקע ועד גובה 2000 5 מייל ימי. בשליטת רגל, ברדיוס של פקח השדה נמצאים מסלולי ההמראה והנחיתה, הוא מקבל את המטוסים לשליטתו מפקח הקרקע ומפקח הגישה, מכוון אותם בעת הטיסה במרחב האוויר שלו ומאשר להם את ההמראה והנחיתה על המסלולים. תנועת המטוסים סביב שדה התעופה מתואמת כל הזמן על תנועת המטוסים במרחב הגישה והעזיבה אל ומשדה התעופה. על מרחב זה אחראית יחידת המכ"ם, הנמצא בחדר המכ"ם הממוקם בבסיס מגדל הפיקוח. על מסכי המכ"ם מופיעות התנועות הנמצאות ברדיוס של שישים מייל ימי סביב שדה התעופה - 'תנועה אווירית' המופקת ממכ"ם הנמצא בין המסלולים בשדה. המכ"ם הפועל בשדה הוצב בשנת 2003, ומגבה אותו מכ"ם ישן יותר, שהוצב עם הקמת המגדל.

קומת המכ"מ נמצאת בבסיס מגדל הפיקוח, ואחראית על כל תנועת המטוסים במרחב הסובב את שדה התעופה בטווח של כ- 40 מייל. קומת המכ"מ לרוב חשוכה כך שהצפייה במסכי המכ"מ תהיה נוחה. נכון לשנת 2008 התקבלו מסכי מכ"מ חדשים המאפשרים לפקחים לעבוד בתצוגות שונות, אשר מאפשרות עבודה בתנאי אור מלאים. בקומת המכ"מ ישנן 3 עמדות:
עמדת TMA: האחראית על כל המרחב המזרחי של בן גוריון עד לגבול עם ירדן ובה נעים כל המטוסים בדרכם מ/אל אילת, דרום אפריקה, המזרח הרחוק, ירדן, שדה דוב והרצליה.
עמדת APPROCH : אחראית על כל תנועת המטוסים המגיעים והיוצאים אל המערב וכוללת את רוב התנועה אל/מ ישראל (אירופה, ארה"ב ועוד). עמדה זו קובעת את סדר הנחיתות וההמראות אל ומשדה התעופה.
עמדה שלישית : משמשת כגיבוי. פקחי המכ"מ המכוונים את המטוסים אל שדה התעופה פועלים בתיאום מושלם עם פקח השדה ומשנים את נתיבי הטיסה בהתאם למסלולים בשימוש או בהתאם לצרכים המבצעיים של השדה באותו הרגע. בנוסף פקחי המכ"מ פועלים בשיתוף פעולה מלא עם יחידות הבקרה השונות ומשנים את נתיבי הטיסה בהתאם למזג האוויר או בהתאם לצורכי הטייסים הנוחתים / ממריאים. עבודת צוות זו היא הבסיס להצלחת תפקודו היעיל והבטוח של מגדל הפיקוח נתב"ג.

נתב"ג הוא שדה תעופה 'ממוכשר' - ניתן לנחות ולהמריא ממנו כמעט בכל מזג אוויר. עזרי הנחיתה כוללים מכשור INSTRUMENTAL LANDING SYSTEM) ILS), המאפשר לטייסלכוון את עצמו לציר המסלול ולהנמיך לנחיתה בתחילתו. למרות המכשור המתקדם, מטוסים נמנעים מטיסה בתוך עננות מפותחת ופעילה, המסכנת את בטיחות והמטוס, על הפקחים לכוון אותם מסביב לאזורים המסוכנים. העננות הפעילה מופיעה על מסך המכ"ם וניתן להבדיל אותה מענות שאינה פעילה. על הפקח להכיר את תופעות מזג האוויר השוררות במרחב שבשליטתו, לעקוב אחר תנועת העננים ולכוון את המטוסים ביניהם. הדבר הולך ומסתבך לאור השינויים המתחייבים בתפעול מסלולי הנחיתה וההמראה בהתאם לשינויי מזג האוויר. ככלל, מטוסים ימריאו וינחתו אל מול הרוח הנושבת באותו זמן (בעיקר כדי לבצע את הנחיתה במהירות מזערית). פקחי המכ"ם, המכוונים את המטוסים לשדה התעופה, פועלים בתיאום מושלם עם פקחי המגדל ומשנים את נתיבי הטיסה בהתאם למסלולים בהם נעשה שימוש באותו זמן. כך, כמכונה משומנת היטב, נעים המטוסים אל ומשדה התעופה בן-גוריון.

עבודת הפקחים במגדל נתב"ג הינה ייחודית מבין כל יחידות הפיקוח הקיימות במדינת ישראל. הסיבה לכך נעוצה בעובדה שמגדל נתב"ג משלב בתוכו הן עבודת פיקוח שדה והן עבודת פיקוח מכ"מ. כתוצאה מכך מסלול ההכשרה של הפקחים בנתב"ג הוא ארוך ומייגע ובסופו פקח הטיסה מוסמך לעבודה ב- 6 עמדות הפיקוח השונות במגדל. חשוב לציין כי כל התקשורת בין המגדל למטוסים ולתנועה הקרקעית בשדה מבוצעת בשפה האנגלית. עבודת הפקחים במגדל נתב"ג מתחלקת למשמרות וכוללת בתוכה משמרות בלילות, סופי שבוע חגים וכדומה. על המגדל להיות מאויש במשך 24 שעות, 365 ימים בשנה.