בקרה דרום אחראית על תעבורה אווירית בנתיב הטיסה בין מרכז הארץ לדרום, בכך משרתת את התעופה האזרחית והצבאית המשתמשת בנתיבים האזרחיים מתל-אביב, חיפה, נתב"ג, הרצליה וירושלים אל עבר אילת, יוטבתה, עובדה. במסגרת טיסות בינלאומיות מגיעות טיסות שכר מאירופה לאילת ועובדה. טיסות יוצאות ונכנסות ל/מנתב"ג והדרום הרחוק - דרום אפריקה, קניה, מצרים, אתיופיה, הודו, תאילנד והונג-קונג. תחום האחריות - מקו תל אביב ועד שארם אל שייך. השירות לתעופה אזרחית ניתן במסגרת האמנה הבינלאומית שלפיה כל מדינה מתחייבת לתת שירותי נתיבים ופיקוח טיסה אזרחיים לפי סטנדרטים אזרחיים מוכרים הכתובים בחוקת התעופה האזרחית.

בקרה דרום הוקמה ב- 1975 לצורך הנ"ל בעזרת חוזה מיוחד בין משרדי הביטחון והתחבורה. חוזה שהתאים לתקופתו. זוהי עדיין בקרה משותפת צבאית ואזרחית" -"כתף אל כתף". ביחידה עובדים למעלה מעשרים עובדים. פקחי טיסה מוסמכי מכ"מ רובם בעלי וותק של למעלה מעשרים שנה. במשך השנים התנהלה התעופה האזרחית בנתיב הדרומי בנפח טיסות דליל שאפשר להבטיח טיסה בטוחה למשתמשים. בשלוש השנים האחרונות גדל מאד נפח הטיסות בנתיב ומגיע לכדי 160 טיסות ביממה ויותר לעומת 60-40 תנועות עד אז.